Retour sur les 18èmes journées du Club-Jeunes de la FPS à Grenoble
Du 31 mars au 3 avril 2025, le Club des Jeunes de la société française de Protéomique a organisé la 18ème édition des journées annuelles du Club-Jeunes. Ces journées ont eu lieu à la maison Jean Kuntzmann (maison du doctorat) à Grenoble.
Le club-jeunes tient à remercier la maison Jean Kuntzmann pour l’accueil. Nous tenons également à remercier chaleureusement nos sponsors : Bruker, Affinisep, Preomics, Evosep, Cellenion, Waters ainsi que ProFi pour leur soutien financier ainsi que scientifique. L’aide des sponsors a été indispensable à la réussite de ces journées et nous avons fortement apprécié la présence des sponsors ainsi que leur présentations de leurs récentes innovations technologiques.
Cette année, les journées ont rassemblé 30 participants, réunissant ainsi des experts du domaine de la protéomique et de la spectrométrie de masse autour de thématiques variées liées aux différentes applications de ces disciplines.
Nous avons eu le plaisir d’accueillir des chercheurs reconnus dans leur domaine, venus partager leurs travaux et expertises à travers des interventions particulièrement didactiques qui ont suscité de nombreuses discussions parmi les participants.
Un grand merci aux : Professeure Isabelle Fournier (PRISM, Lille) pour sa présentation sur l’imagerie MS et ses applications, docteur Julien Marcoux (IPBS, Toulouse) pour son intervention sur la spectrométrie de masse structurale, au docteur Pascal Albanese (LPCV, Grenoble) pour son introduction sur le crosslink-MS, au Professeur Yannis François (LSMIS, Strasbourg) pour sa présentation sur le couplage entre électrophorèse capillaire et spectrométrie de masse, au docteure Virginie Brun (CEA, Grenoble) pour son retour d’expérience entre protéomique et management de la recherche, et finalement au Professeur Christophe Hirtz (INSERM, Montpellier) pour sa présentation sur la découverte de biomarqueurs. Un grand merci également au club-jeunes de la SFSM pour avoir organisé en visio la présentation du Prof. Isabelle Fournier.
Cette année, une nouvelle session a vu le jour, une matinée entière dédiée à des workshops sur l’utilisation de logiciels bio-informatiques, importants pour toute analyse protéomique. Nous remercions chaleureusement les intervenants Adrien Brown (LSMBO, Strasbourg) pour son workshop sur l’utilisation du logiciel Brownotate, docteure Anne-Marie Hesse (CEA, Grenoble) pour son intervention sur l’utilisation des logiciels Proline et Prostar et au docteur Robbin Bouwmeester ainsi qu’au doctorant Robbe Devreese (Compomics, Ghent) pour leur workshop sur l’utilisation de MS2 Rescore.
Nous remercions également Franck Peron (VRS, Paris) pour son atelier sur l’orientation professionnelle, nous donnant ainsi les clés pour réussir son projet professionnel.
Des jeunes chercheurs en protéomique ont également eu l’opportunité de présenter leurs travaux, explorant divers sujets innovants, allant du machine learning à l’étude des immunopeptides. Les meilleures présentations ont été récompensées de prix pour participer à différents congrès qui auront lieu en 2025 (EuPa et HUPO). Bravo aux gagnants : 1er prix flash présentation : Farida Salimova (LSMBO, Strasbourg) ; 1er prix junior présentation : Jeewan Babu Rijal (LSMBO, Strasbourg) ; 2ème prix junior présentation : Charline Keller (LSMBO, Strasbourg) ; 3ème prix junior présentation : Océane Girard (Protim, Rennes).
Nous avons également appris à mieux nous connaître autour d’une activité originale en prenant les bulles de la Bastille, nous permettant d’observer la ville à 400m de haut, mais également lors d'un dîner convivial.
SMAP 2024 – Lille (16 au 19 septembre 2024)
En 2024, l’événement interdisciplinaire réunissant le monde de l’analyse par spectrométrie de masse et de la protéomique est de retour ! Pour la première fois depuis 2019, la conférence SMAP revient à son format traditionnel à Lille pour couvrir plus de 16 thèmes dans ces domaines.
Pour cet événement, le Club-Jeune de la Société Française de Protéomique (FPS) se joint au Club-Jeune de la Société française de spectrométrie de masse (SFSM) pour organiser des moments dédiés aux jeunes chercheurs durant le congrès. Nous nous réunirons notamment pour proposer :
- Des ateliers réunissant les Clubs-Jeunes des deux sociétés le lundi 16 septembre de 9h30 à 12h30. Au cours de ces ateliers, les activités des deux Clubs-Jeunes y seront présentées puis des moments d’échanges auront lieux sur divers domaines à l’aide d’activités ludiques, de tables rondes et de moments de convivialité.
- Une session parallèle Club-Jeune le mercredi 18 septembre de 13h45 à 15h00 dont le programme sera défini par un comité scientifique de jeunes chercheurs. Cette session sera l’occasion pour les jeunes chercheurs de présenter leurs travaux.
Nous vous donnons donc rendez-vous pour cette occasion au Grand Palais de Lille du 16 au 19 septembre 2024 !
17ème Journées du Club des Jeunes à Paris
Du 20 au 22 mars 2023, le Club des Jeunes de la Société Française de Protéomique a organisé les journées annuelles du Club-Jeune pour sa 17ème édition à l'Institut Necker, à Paris. Nous tenons à remercier chaleureusement l'institut pour son soutien et son hospitalité. Nous souhaitons également remercier nos sponsors Bruker, ThermoFisher, Preomics, Evosep, Affinisep, Grenova et Waters pour leur soutien financier et scientifique. Leur aide a été essentielle à la réussite de cet événement et nous avons apprécié la présentation de leurs innovations technologiques.
Avec 39 participants, l'événement a rassemblé une partie de la communauté scientifique spécialisée en protéomique autour de divers thèmes d’application de cette discipline. n. Nous avons eu l'honneur d'accueillir des chercheurs de renom : Dr Mariette Matondo, Dr Hélène Cazier, Dr Chiara Guerrera, Dr Thomas Burger et Dr Luc Camoin. Leurs présentations ont suscité de nombreuses discussions et ouvert de nouvelles perspectives pour tous les participants.
Nous tenons ainsi à remercier chaleureusement chacun de ces chercheurs pour leurs précieuses interventions et leur généreux partage de connaissance.
Vous trouverez ci-dessous un résumé des présentations de chacun des intervenants :
Dr Thomas Burger
Dr Thomas Burger a présenté son travail en bioinformatique sur les données de quantification sans étiquette, en abordant le problème des valeurs manquantes. Il a développé un logiciel capable de réduire l'impact de ces valeurs manquantes sur l'analyse des données, notamment en modélisant la limite de détection de l'instrument et en estimant un mécanisme de censure global à partir des données disponibles.
Dr Luc Camoin
Dr Luc Camoin a partagé son travail rétrospectif sur l'oncologie, en expliquant comment les études protéomiques peuvent améliorer notre compréhension de ces pathologies. Il a notamment mis en lumière la découverte potentielle de nouveaux biomarqueurs et traitements..
Dr Hélène Cazier
Dr Hélène Cazier a exploré l’utilisation de l’imagerie MALDI dans le contexte de l’oncologie. Elle a détaillé le fonctionnement de cette technique et son application pour décrire en détail le microenvironnement oncogène dans les tissus, améliorant ainsi notre compréhension des interactions protéiques et cellulaires dans les environnements tumoraux.
Dr Chiara Guerrera
Dr Chiara Guerrera a présenté une analyse approfondie de la protéomique du plasma et de l’analyse protéomique à haut débit pour les applications cliniques. Elle a expliqué comment optimiser l'analyse protéomique pour traiter un grand nombre d'échantillons en peu de temps, répondant ainsi aux contraintes de temps souvent rencontrées dans le domaine clinique.
Dr Mariette Matondo
Dr Mariette Matondo a exposé son travail fascinant sur l’utilisation de la protéomique dans l’étude de maladies infectieuses. Elle a discuté des défis liés à l'analyse simultanée de deux espèces différentes (le parasite et l'hôte) et de l'utilisation de bases de données protéomiques distinctes ou combinées pour chaque espèce.
De nombreux participants ont également présenté leurs travaux lors de présentations flash et de présentations juniors. Cela nous a permis d’aborder une grande variété de thématiques différentes en protéomique, allant de l'analyse bioinformatique à celle de la cellule unique, en passant par l’analyse des modifications post traductionnelles.
Les meilleures présentations ont été récompensées par des bourses pour assister aux congrès SMAP et HUPO 2024. Félicitations à Charline Keller pour avoir remporté le premier prix dans la catégorie des présentations flash. Félicitations également à Maryam Aboutiman, Pauline Perdu-Alloy et Tanh Van Kim pour avoir obtenu respectivement le troisième, le deuxième et le premier prix dans la catégorie des présentations juniors.
Le comité du Club des Jeunes est déjà à pied d'œuvre pour planifier la prochaine édition des Journées du Club des Jeunes, qui aura lieu à Grenoble en 2025. Nous nous attendons à un autre événement tout aussi passionnant et enrichissant, qui s'appuiera sur les succès de cette année.
1er prix de la Communication Flash : Charline Keller
Cette communication Flash présentait la mise en place d’un protocole novateur d'automatisation des processus de préparation et d’analyse d’échantillon dans l’étude protéomique à l’échelle de la cellule unique, permettant ainsi d’augmenter la profondeur d’analyse et de pallier à la limitation de la quantité de matérielprésente dans ce contexte d’étude.
3ème prix pour la présentation orale : Maryam Aboutiman
Sa présentation portait sur la mise en place d’un protocole innovant d’étude de phosphorylations sur histidine, appliquées à l’étude des processus de l'érythropoïèse, et de sa régulation.
2ème prix pour la présentation orale : Pauline Perdu-Alloy
Sa présentation explorait le monde de la protéomique à l’échelle de la cellule unique, notamment sur l’optimisation des protocoles d’analyses en label-free pour maximiser le rendement d’identification et limiter la perte de matériel au cours de la préparation des échantillons. Sa présentation a valu le deuxième prix pour son approche méthodologique innovante.
1er prix de la présentation orale : Tanh Van Kim
Sa présentation ayant obtenu le prix de la meilleur présentation portait sur la mise en place d’un protocole innovant d'immunoprécipitation combiné à la nanoLC-HRMS/MS afin d’identifier de nouveau isoforme de α-synuclein a partir de cerveau post-mortem atteint de démence avec des corps de Lewy (LBD).
Nous avons également eu l’occasion d'interagir avec Franck Perron de la société VRS Recruitment qui a animé un atelier informatif sur l'intégration professionnelle. Au cours de cette session, nous avons pu discuter sur la préparation du CV, la préparation d’un entretien, et comment se démarquer des autres candidats. Il nous a donné un très bon aperçu de la façon dont le marché de l'emploi se présente pour les jeunes scientifiques comme nous, de la façon de mettre en valeur nos compétences scientifiques ainsi que nos compétences plus transférables. Ce fut un moment très apprécié par tous, où chacun a pu en apprendre davantage sur les différents moyens à dispositions pour améliorer ses futures candidatures.
Au cours de ces journées nous avons également eu l’occasion d’apprendre à mieux se connaître autour d'événements plus ludique, comme un dîner au Bouillon Chartier, institution des brasserie parisienne, ou encore un rallye à travers Paris a ajouté un élément de plaisir et d'aventure. Félicitations à l'équipe EDyP pour sa victoire. Tout cela nous a permis de discuter et d’apprendre à mieux se connaître en dehors d’un cadre très formel.
Nous espérons vous voir à Grenoble l'année prochaine,
Le Club des Jeunes du FPS
